一、背景──武藏國情勢
在鎌倉幕府創設者、初代將軍源頼朝死後，幕府内部的權力鬥争便不斷持續上演，經過正治2年（1200年）的梶原景時之變、建仁3年（1203年）的比企能員之變等消滅有實力的競爭者，幕府的實權由北条時政擁護的11歳源實朝擔任第3代將軍。
首先先簡單介紹本次事件之主角，畠山重忠。畠山重忠自源賴朝時代以來，因其武勇和人望，在當時就被稱爲「武士中的武士」、是公認的武士代表，例如在源平合戰的在一之谷戰役中，揹著愛馬衝下懸崖的故事也廣爲人知。而《吾妻鏡》中也記載一則軼事： 有一次，源賴朝懷疑畠山重忠謀反，於是畠山重忠一邊辯解，一邊說道：「如果武士被懷疑謀反的話，我感到很自豪。」在源賴朝臨死之際吩咐必須守護子孫而成為有力御家人。另外，畠山重忠娶了北条時政前妻的女兒成為北条氏女婿，在梶原景時之變、比企能員之變時也幫助過北条氏。
接著簡單介紹本次事件的肇因──武藏國當時的情勢。武藏與相模國並列爲鎌倉殿可推舉國司的關東御分國（將軍家知行國）之一，裡頭有許多武士團，是防守鎌倉的戰略要地。在源賴朝時期，武藏國由源氏門葉的平賀義信擔任國司、秩父氏的總領──河越重賴擔任留守所職*。河越重賴和平賀義信的妻子分別是源賴朝乳母比企尼的二女兒和三女兒；武藏的郡司由比企氏的家督比企尼的侄子比企能員繼承；整個武藏由源賴朝的親信統治。
註：據網路資料說明，秩父氏因為大藏合戰，分出去的畠山氏佔領了秩父氏的核心地帶。原來的秩父本家因當主戰死，遺族流落到葛貫，後來遷移到河越，便以地名為苗字，所以秩父重隆的長子叫葛貫能隆，葛貫能隆的長子叫河越重賴，秩父氏代代相傳的武藏國總檢校職便由其繼承。畠山氏雖為同族最強，但只能自稱秩父嫡流，沒有到秩父平氏之中絕對霸權的地位。
註：據網友說明， 實際上畠山重忠可能未擔任過留守所總檢校職，但有實質權力。
隨著建仁三年（1203年）9月同樣是武藏有力豪族的比企氏因比企能員之變而滅亡，想要將比企氏遺領納為己有的北条時政，與武藏國當地武士團棟樑畠山重忠兩者即時是翁婿關係，也因土地利益不得不轉為彼此對立。比企能員之變大約隔一個月後，北条時政漸漸露出野心；10月北条時政奉將軍源實朝之命擔任武藏國務職，掌握武藏國衙的行政權，並派遣平賀朝雅上洛擔任京都守護。兩大勢力之間的衝突，尚待一顆火種來引爆。
據《明月記》元久元年（1204年）正月18日記載，在都城「北條時政與畠山重忠交戰，敗北後北條時政躲進山中。大江廣元已經被殺害。」的傳聞傳開後，大江廣元的親戚們因謠言而鬧得沸沸揚揚。由此可知，兩人的矛盾是眾所周知的。畠山重忠之亂的背景是圍繞在武藏國的權力之爭，武藏國武士團棟樑畠山氏與背後有國司（女婿）平賀朝雅的北条氏當家北条時政之間的對立。
二、經過
（一）平賀朝雅和畠山重保之爭
元久元年（1204年）11月4日，爲迎接將軍源實朝的妻子坊門信清女兒（西八條禪尼），在京都守護平賀朝雅的宅邸為上洛的御家人舉辦了歡迎酒宴。在宴會上，平賀朝雅和畠山重忠的嫡子畠山重保之間發生了口角爭執（二人爭吵的內容未知）；雖然經過旁人的相勸後，爭執平息下來，但為之後巨大的衝突埋下火種。第二天5日，與畠山重保一起上洛的─北条時政和繼室牧之方鍾愛且唯一的兒子─北条政範（因病）猝死。而北条政範的安葬與畠山重保和平賀朝雅爭執報告同時傳回鎌倉。
另外，在《吾妻鏡》中，作爲迎接源實朝正室的使者，將上洛的御家人的代表定爲北条政範1人，然而根據《仲資王記》元久元年11月3日條記載，北条時政也一同上洛。
據《島津家文書》記載，北条時政雖然對畠山重忠父子進行處罰，但由於元久二年（1205年）正月透過千葉成胤的斡旋，雙方暫時和解。但是顯然這個和解只是表面的。
（二）亂事開始
次年元久二年（1205年）4月11日，因鎌倉內形勢不穩，御家人開始聚集在一起；畠山重忠的堂兄弟兼北条時政的女婿之一、隱居在所領武藏的稻毛重成被岳父北条時政召喚，帶著一族郎黨來到鎌倉。雖然有傳聞說會發生什麼事情，但風波平息後，5月3日大部分的御家人回到自己的領地。
6月21日，平賀朝雅向牧之方進諫說受到畠山重保的辱罵，牧之方轉而向北条時政呼籲畠山重忠父子叛亂。北条時政見獵心喜，終於等到機會來剷除對手，於是找來兒子北条義時和北条時房商討圍剿畠山重忠，但二人皆認為：「畠山重忠自源賴朝時代以來乃忠義之士，不可能謀反，調查是否屬實後再行動也不遲。」反對討伐事宜，受到兩位兒子極力反對的北条時政於是離開，回到家裡和牧之方商量；接著牧之方就派出哥哥大岡時親作為使者向北条義時說道：「因為牧之方不是你的親生母親所以就不聽她的話嗎？」北条義時不得不同意圍剿畠山重忠。
第二天22日清晨，據報鎌倉發生叛亂，源實朝發佈追討謀反者的命令（應當是根據北条時政的建議），在鎌倉的武士們爭先恐後地奔向由比濱。同爲秩父平氏庶流的稻毛重成依據北条時政的指示也邀請了在鎌倉的畠山重保，畠山重保帶著3名郎從一起前往由比濱，沒想到到了之後卻被同樣受北条時政之命派出的三浦義村和佐久間家村包圍；得知自己是謀反者的畠山重保雖然奮戰，但仍寡不敵眾，自己和郎黨均被殺害。
接著，北条時政命令並派遣大軍誅殺前往鎌倉路上的畠山重忠。以北条義時為大將軍並作為先鋒、後陣則有葛西清重、堺常秀、大須賀胤信、國分胤通、相馬義胤、東重胤、除此之外，足利義氏、小山朝政、三浦義村、三浦胤義、長沼宗政、結城朝光、宇都宮頼綱、八田知重、安達景盛、中条家長、苅田義季、狩野介入道、宇佐美祐茂、波多野忠綱、松田有経、土屋宗光、河越重時、河越重員、江戸忠重、渉河武者所、小野寺秀通、下河邊行平、薗田成朝，還有大井氏、品河氏、春日部氏、潮田氏、鹿島氏、小栗氏、行方氏、兒玉黨、横山黨、金子黨、村山黨等人跟隨以北条時房、和田義盛為大將由鎌倉前往關戸（多摩市關戸）出陣。
（三）二俣川之戰
聽聞鎌倉發生騷亂後的畠山重忠於6月19日從菅谷館出發，22日下午在二俁川與討伐軍相遇。當時畠山重忠的弟弟長野重清前往信濃國，畠山重宗前往奧州，畠山重忠只有帶領二兒子畠山重秀、郎從本田近常、乳母父榛澤成清以下等人134騎。
22日早晨，畠山重忠在二俁川初聞畠山重保被殺、自己也被當成叛賊將要被討伐，他拒絕了隨從返回根據地的建議，說道「我不想像梶原景時那樣，在逃跑的路上被人殺掉」，決定揮師迎擊幕府大軍，堂堂正正戰死沙場。
幕府軍方面，昔日的老友安達景盛和主從7騎打頭陣率先進攻、畠山重忠主從則和北条義時大軍及少數士兵短兵相見，展開4個多小時的激戰後；之後畠山重忠被愛甲季隆的箭射中後被斬首。《愚管抄》中則記載，畠山重忠因無人能對付自己而自殺（享年42歲），得知畠山重忠去世的畠山重秀以下郎黨全數自殺（享年23歲）。
23日下午2點左右，大軍回到鎌倉的北条義時聽到戰爭的場面後，對北条時政質問：「畠山重忠的弟弟和其他親戚幾乎都不在現場，跟隨畠山重忠的只有百餘人，畠山重忠謀反的消息果然是偽造的，畠山重忠是無辜的。自舉兵以來，畠山重忠與我們一同打天下，如今看到他的首級，無法止住眼淚，我做了件非常糟糕的事情。」尷尬的北条時政聽聞後默默地退下。
當天晚上，北条時政以「為了成為秩父氏棟樑而陷害畠山重忠」為由，派三浦義村等人將在鎌倉的畠山重忠同族、參加圍剿軍的稻毛重成、小澤重政父子、稻毛重成的弟弟榛谷重朝、榛谷重季、榛谷秀重父子殺害。想以此將畠山重忠之亂的責人推卸給以上人員，讓其作代罪羔羊。然而北条時政的種種舉動，全被鎌倉的其他御家人們看在眼裡。
四、結果及影響
（一）亂後封賞及遺族後續
7月8日，代替年輕將軍源實朝的尼御台北条政子命令，將畠山氏的領地作爲功勳授予討伐畠山重忠的有功武士們、20日又再將一部分遺領授予北条政子的女房們及畠山重忠的遺孀（即北条時政前妻的女兒）；畠山重忠的遺孀之後再嫁給足利義純，故足利義純繼承了畠山氏的遺領，平姓秩父氏的畠山氏就此滅亡。
事件之後出家的畠山重忠小兒子畠山重慶在8年後的建保元年（1213年）9月因涉嫌謀反而被殺害。此時，將軍源實朝曾對此嘆道：「重忠本無過卻受誅殺」。
另一方面，北条義時拋棄了擁護牧之方的女婿平賀朝雅的父親北条時政，躲過了御家人們的眾怒，並趁此混亂之際肅清平賀朝雅和秩父一族的稻毛重成、榛谷重朝等有力人士，成功掌握武藏。此後，武藏世世代代由北条得宗家統治，執權政治穩定化後，執權、連署佔據「武藏守」、「相模守」的事例增加。
（二）後續餘波──牧氏事件
閏7月19日，北条時政被自己的子女北条政子、北条義時姐弟強迫下臺，並與牧氏一起被驅逐出鎌倉，同月26日，在京的平賀朝雅被北条義時之命誅殺（牧氏事件）。詳細內容，另篇說明。
（三）北条氏分裂
北条氏在排除梶原景時、比企能員等強大對手方面表現出團結一致，但前妻的子女北条義時、北条政子等人與後妻牧之方之間從以前開始就因為「龜之前事件」等爭執而有隔閡；另外，牧之方所生唯一的兒子、被認爲是北条本家接班人的北条政範死亡使雙方的矛盾浮出水面。由於家族內部沒有共同敵人，反而開始自己內鬥。
以畠山重忠之亂爲契機，北条政子與北条義時姊弟倆開始與父親關係決裂，隨後發生的牧氏事件進而驅逐自己的父親；幕府的核心權力也從北条時政的獨裁專制政治轉變爲由北条義時、北条政子姐弟倆主導的寡頭體制，但專制政治仍持續。
（四）畠山重忠英勇的形象
鎌倉幕府北條氏後代編纂的史書《吾妻鏡》中，將梶原景時斷定爲惡人，與此形成鮮明對比的是，讚揚畠山重忠的紀事非常突出。
《吾妻鏡》中北条義時擁護畠山重忠、過度讚美畠山重忠的記載被認爲是爲驅逐父親北条時政、消滅武藏英雄的北条義時辯護而作的。但是，近年來的研究表明，認爲不是北條宗家而是分家江間家第一代的北条義時，拒絕北条時政意願的可能性很小。
