二、檢斷和地下管領
除了在國地頭政策上，北条時政在維持京都治安方面也採取了強硬的態度，這似乎成為源賴朝召回北条時政的伏筆之一。
（一）鎮壓洛中群盗
1.關於史料的性質
文治元年11月源賴朝再次佔領京都以後，有關處理洛中群盜事務的主要史料大致如下：
上述列舉了從文治二年正月到次年十月間，關於洛中群盜（強盜）事件的史料，並且依時間順序排列而成。其中，a.b.c.f.g.h.j.l.m.o.是《吾妻鏡》編纂者所寫的敘述文（記事體），若以嚴格批判《吾妻鏡》本文的立場來看，單憑這一點就可以說不具備獨立史料的價值。另一方面在dikn中，dn是帥中納言經房作為奉者發佈給源賴朝的後白河院宣、而 i.k. 則是源賴朝上奏後白河院的消息書狀；這些原文都被《吾妻鏡》編纂者直接引用。與前述的敘述文（記事體）相比，這些史料的價值顯然更高。而且，e.是來自同一時期的史料──九條兼實的日記《玉葉》中的記事，而且引用的部分，正是九條兼實本人當時為了是否同意要將支持義行（源義經）的「惡僧」交給使廳而奔走時所說的話，因此毫無疑問，這是關於此問題的一等史料。
上述史料中，a.b.o.是北条時政在京都鎮壓群盜的記錄；h.i.j.k.l.m.n.o.則是關於文治三年8月至10月千葉介常胤與下河邊庄司行平上洛的記錄，而g.也與此事有關；剩下的c.d.e.f.則是發生在上述兩個時期之間的事情。接下來，首先考察九條兼實在《玉葉》中的記錄e.，其次考察後白河院與源賴朝之間往返的書信d.i.k.n.，最後再以其餘的a.b.c.f.g.h.j.l.m.o.爲參考史料進行考察。然而，這件事涉及對北条時政的評價。雖然也不能完全排除《吾妻鏡》編纂者在 d.i.k.n.往返書信內容中故意修改的可能性，但在此暫且假定沒有這種可能。
2.使廳沙汰與武士沙汰
關於京都治安的維持與群盜追捕，五味文彥先生已經說明過，但如果仔細觀察的話，可以看出北条時政與源賴朝在這方面的方針也存在微妙的差異。事態的經過只要閱讀前面的史料就可以明白，但在這裡筆者想指出以下二、三個重點。
（1）北条時政的武士沙汰
從a.b.o.的記載來看，北条時政在京都期間，沒有將洛中群盜交給檢非違使廳，而是在六條河原斬首。尤其是他聲稱「凡如此犯人者、不可渡使庁、直可処刎刑」（凡此類犯人，不可交付使廳，可直接處以斬刑），並且確實執行，然後將結果報告鎌倉；同樣，下河邊行平在上洛當晚於尊勝寺附近抓到8名群盜後，也依循「北條殿之例」─未交付給檢非違使廳並將其斬首；以上2件事值得關注。關於洛中群盜的問題，北条時政的方針是由武士來處理（武士沙汰）。
雖然a.b.o.是《吾妻鏡》的敘述文（記述體），但從最確切的史料e.《玉葉》在文治二年閏七月的記載：「近如強盜之犯人，猶為武士之沙汰」（像強盜這類犯人，仍由武士來處理），可以判斷前面a.b.o.的記述是可信的。根據以上內容可以判斷，d.的後白河院宣所述：由於北条時政下向而導致「世上敵々事」的事實，也是可信的。這也是我們不必將《吾妻鏡》關於「後白河院對北条時政在京都的政治有所信任」的記述，視為曲筆的理由之一。
（2）源賴朝的使廳沙汰
與此相反，在召回北条時政鎌倉後，觀察京都局勢的源賴朝在文治三年8月派遣千葉介常胤、下河邊莊司行平二人，並提出了洛中群盜事務應交由使廳裁決處理（沙汰）的原則。
在和源賴朝的往返書信n.中，後白河院就洛中群盜事務表示：
近來使廳的權威已經消失，若沒有武士的協力，事態便無法平息；同時他又說：
「然而可爲使廳事之由、令計申給之條、法之所指、尤可然事也、仍殊可有御沙汰之由、被申攝政畢」。
（然而，關於應該由使廳裁決之事務，已經指示相關人員進行審議並上奏；按法律所規定，實屬理所當然之事。因此，關於此項特殊事務，已指示攝政（九条兼實）依此辦理。）
在這裡，主張洛中群盜事務必須由使廳裁決處理（沙汰）的主體當然是源賴朝。對此，後白河院表示：
「法之所指，尤然事也」（這是法律所規定的，實屬理所當然之事）
，並且指示攝政九條兼實依此辦理，同時表示這件事須要「在京守護武士」的「合力」。顯然，與北条時政不同，源賴朝試圖將洛中群盜的取締處置交由檢非違使廳掌管。
事實上，源賴朝的書信i.中說道：
「仍常胤行平を差進候、於東國有勢者候之上、相憑勇士候也、自余事ハ知候はす、方武士等中狼藉ハ、此兩人輙可相鎭候」
（我特地派遣千葉常胤與小山行平前往。這兩人皆是在東國頗具勢力之人，且亦能倚賴其統率的勇士。至於其他事情的詳情，我並不知曉；若武士們之間發生了紛爭或胡作非為，這兩人應能輕易地予以鎮壓。）
，也就是說，千葉常胤與下河邊行平二人的任務僅限於取締處置「武士之間的狼藉」（武士等中狼藉）。
之所以派遣二人，根據l.記載是因為當時有「洛中狼藉事、為関東御家人等所為歟之由」（京都發生的混亂，為關東御家人等所為）的風聲；而這也與n.中後白河院針對上述傳言的回應：「本自關東武士所行をも、全不風聞」（完全沒聽過這是關東武士所為）相互呼應。
對於前年以來的洛中狼藉事件，當時源賴朝懷疑是不是在京的東國武士所為。在書信i.中說：
「彼輩…還疲計略、若如此事をもや企候覧、…然者、偏可為頼朝耻辱候」
（他們…還疲於心計，如果他們企圖這種事……那麼簡直就是源賴朝的恥辱。）；
在書信k.中說：
「群盗事、洛中案内者所為歟、若又畿内近国武士歟、両篇能々可有御尋歟」
（關於群盜一事，究竟是熟悉洛中情況者所為？抑或是畿內近國的武士所為？這兩方面都應當詳加追查才是。）
又如o.所見，兩人上洛後召集了所有在京武士，詢問有無犯罪，並要求他們提交53封陳狀。但由於院宣n.已經否認群盜事件是關東武士所為，因此這53封陳狀並沒有交給京都方面，而是在兩人完成任務後直接帶回鎌倉。毫無疑問，兩人原本的任務是為了收集並提交這些陳狀。
確實，如o.所見，下河邊行平的行為遵循了北条時政的先例，並沒有依照源賴朝的意圖實踐。雖然源賴朝並沒有特別責難下河邊行平在京都無視使廳的行為，但即便在京都方面提出要求的情況下，源賴朝趁文治三年8月千葉常胤、下河邊行平上洛之際，明確提出了群盜事件應由使廳沙汰（裁決處置）的方針，否定或修正了前一年以來北条時政─「凡此犯人，不可渡使廳，直可處刎刑」的基本方針。源賴朝的戰略可謂深謀遠慮。雖然總是伴隨著像北条時政或下河邊行平那樣偏離源賴朝的強硬路線，但源賴朝始終會設法將其拉回到主流上。
此外，從文治二年3月北条時政返回關東到同年8月千葉常胤、下河邊行平上洛期間發生的各種事件，例如：c.記載的文治二年4月29日夜晚，上京與下京有7處發生群盜亂入事件、f.記載同年春天三月群盜首領平庄司從左獄集體逃脫，以及8月11日梶原頼景逮捕平庄司並將其移交使廳、g.記載同年12月3日強盜闖入太皇太后宮並殺害大夫進仲賢以下男女，以及以此為契機引發京都治安盡一步惡化等情況；這些雖然都是《吾妻鏡》敘述文（記事體）所指出的事實，然而與先前所見的《玉葉》和後白河院與源賴朝之間往返書信所顯示的事實相比，並未發現有特別矛盾的地方。我認爲，除非在這些記述中發現特別缺陷，否則應該承認前面的各種事實是基於某種史實的；在這種情況下，北条時政的路線逐漸被源賴朝修正。
（二）謀叛和追捕
文治這個年代是所謂鎌倉幕府確立基本架構的時期，存在守護、地頭問題等眾多政治課題，而這些課題都是圍繞在源義經、源行家二人謀反企圖及其後的逃亡而展開的。關於洛中洛外的檢斷和追捕問題也是其中之一。二人之中，源行家於文治二年5月12日在和泉國被殺，較早結束；而源義經則繼續在京都近郊潛伏，直到文治三年2月左右，經由伊勢、美濃逃往奧州投奔藤原秀衡的麾下。
源義經問題的本質在於如何處理叛亂和追捕的關係。而這個問題對源賴朝來說是絕不能退讓的問題；在這樣的情況下，關東和京都之間的矛盾，對新興武士們而言，也意味著與寺院勢力之間注定引發一場無可避免的對抗。
在京都的北条時定、比企朝宗、土肥實平等人究竟採取了什麼行動？繼承北条時政成爲京都守護、並統率他們的一條能保的行動，或者作為攝政而掌握政權的九條兼實的意圖、以及與院方面的矛盾衝突，再加上源賴朝的動向──歷經內亂存續下來的各方勢力此時如同漩渦般激烈地交織在一起。
1.南都寺僧大進君（文治二年5月20日）
作爲北条時政的代官、留在京都的北条時定，於文治二年5月12日在和泉國討伐源行家後，向興福寺要求交出源行家的兄弟──僧侶大進君。這裡的問題是，北条時定（或稱時貞）引渡人身的要求，不是透過公家的正式使者提出，而是由時定（武士方面）派出的「私使者」提出的。興福寺的奈良僧正（長吏僧正）
則是將大進君送交給攝政九條兼實，同時抗議說：
「非自公家被召之儀，平六兼丈時貞以私使者召之」
（這並非由公家正式的召喚，而是平六兼丈時貞透過私使者召喚的）
，並申訴：南都的寺僧大進君「若無指犯罪者，及恥之條」（若並非指控確鑿的犯罪者，卻遭到如此羞辱），實在令人感到憤慨與不安。
接到興福寺的抗議後，九條兼實依照正規程序向京都守護一條能保提出如下要求：
九條兼實責備武士未依照「藤氏長者→氏院→興福寺」正式的程序，而採取直接與興福寺交涉的非正當行為。對此，一條能保回答：
「武士使直向寺家致狼藉詞之条、返々承驚不少、此事也不相触能保之所不知給、早可誠仰、又自今以後可停止」
（武士直接派使者去寺院，出現不當的言辭，我聽聞後感到非常驚訝。此事並非能保我能推卸不知之罪，故應當盡快誠懇向上陳報，並且從今以後禁止這種行為）
，在這個階段表示歉意。
2.鞍馬寺（文治二年5月29日~6月4日）
一條能保承諾在未事先得到寺院許可前，停止派遣武家使者至寺院時，源義經人正好身在鞍馬寺。鞍馬寺的寺僧圓豪於5月29日將此事通報比叡山西塔的院主法印實詮，實詮隨即與一條能保聯絡。而一條能在保收到消息後向院申請搜索鞍馬山的許可），但院在6月2日拒絕了此事，並且命令九條兼實（《玉葉》6月2日）：
偏向源賴朝政治立場的九條兼實，雖然確實將院的意向傳達給入道關白（近衛基通），但是認為後白河院的處置方式不妥，於是另外派遣使者前往一條能保處傳達：
「密々此沙汰次第太不当、不迴踵可搦取之子細」
（私下進行這樣的處置極度不妥，（我認為）應當無需遲疑立即逮捕犯人歸案）。
也就是說，他主張一條能保應該立即展開強制搜捕。九條兼實對於自己當時沒有完全順從院方意志的辯解則是：「雖和讒為天下也」（即使這樣會被誤解為讒言，但也是為了天下）。
在來來回回的過程中，源義經最終還是逃亡了。一條能保再次向院提出請求（《玉葉》6月4日）：
實際上，要逮捕潛入寺院的源義經非常困難。例如5月6日發給源賴朝的院宣：
在洛中進行搜索還算很容易，但當涉及到像比叡山這樣的宗教領域時，就會牽涉到棘手的問題了。
3.比叡山延暦寺（文治二年閏七月）
此後到6月20日左右為止，源義經一直躲在比叡山的惡僧俊章、承意、仲教之處，但源義經的小舍人童五郎丸在京都被捕後，才供出此事。據《玉葉》記載，土肥實平等武士們立刻固守坂本，準備上山搜索；另一方面，一條能保則竭力想要阻止這一行動。閏7月16日一條能保說道：
事態在閏7月16日變得緊迫。總攬政務的九條兼實根據當天公卿會議的決議，立即向（比叡山）座主以下的僧綱*表達：
「一山大事不可過之、武士等之所鬱至極之理也、所被召之輩、非例之悪僧、偏是朝敵也」
（這是攸關整個比叡山的大事不能置之不理。武士們的憤懣已經達到極限。那些被傳喚的僧人並非一般的惡僧，而是偏袒朝廷敵人（源義經）的人。）
P.S僧綱（そうごう）：僧官的總稱，負責管理僧侶事務。
在此立場上，他提出了二項要求：
1「情限期日、可召進彼惡徒、」（設定明確期限，務必將這些惡僧緝捕解送過來。）
2「座主早引率門徒僧綱等、不日企登山、具仰衆徒、殊可贔負」（座主應立即率領僧綱、門徒登山，向僧眾宣示院的命令，務必給予特別嚴厲的處置。）
對此，座主也作出以下回應：
1「如仰召具僧綱等、明曉可登山、仰旨等可仰聞衆徒」（謹遵指示，將率領僧官等人，於明日清晨登山，並將朝廷旨意宣達給眾僧徒。）
2「日数之条、以廿ヶ日之内所申請也、頗雖似延怠、如当時者、已晦跡逐電、廻種々秘計之間、自可経日数、沙汰殆可及諸国末寺等之故也」（關於期限一事，准許以二十天為限。雖然看起來像在拖延怠慢，但如今逃犯（源義經）已隱匿蹤跡逃亡，正暗中策劃各種秘密手段，故勢必會耗費一些時日；再加上此事還必須通知諸國的末寺（各分寺）等，才不得不如此請求。）
同一天，九條兼實也對一條能保提出要求，請他說服武士們，並這樣說：
九條兼實的言辭充滿魄力，希望無論如何都要避免武士們上山攻擊。就這樣，為了阻止土肥實平以下武士們上山攻擊，九條兼實在這天竭盡全力奔走。在院內殿上舉行的公卿會議中，缺席者眾多，後白河院本人也只是說：
「毎事只能樣可計沙汰、於襲寄山門之條者、一切不可然」
（凡事都只能依照規定的程序來處理，至於武士襲擊山門這一事，是絕對不允許的）
一條能保在抑制武士們暴走的同時，也一邊向座主以下施壓，要他們自己逮捕並交出那些凶徒。
九條兼實統整公卿會議的意見後，向院上奏：對座主以下僧綱要求：應上山說服眾徒，訂下期限，召出凶徒；另外對一條能保則要求：武士們的企圖是「至愚之案」（最愚蠢的方案），源賴朝的志向在於天下（四海），並不是要天台佛法滅亡。對於在這一連串折衝中奔波的九條兼實而言，閏7月16日這一天也是孤獨而漫長的連續戰鬥。他在當天的日記末尾寫道：
「抑今日定、已是朝大事也、而上藤人々一切不参、尤不便、勅定又不分明、一向奉行旁多恐憚、然而且為朝家、且為台嶺、廻無為之計略、所申沙汰也」
（今天的決定已經是朝廷的大事，但上殿的公卿們幾乎都缺席，實在極為不妥。敕令也不夠明確，一切政務皆由我一人獨自操持，心中實感惶恐不安。然而，既然是為了朝廷，也是為了延曆寺（台嶺），在無計可施的情況下不得不如此奏請處置。）
此事關係到「朝廷之大事」。天台座主全玄此時也說：
「凡悪僧之習、令不從貫首長吏之下知、但於此条者、雖衆徒争不顧朝家之大事哉」
（惡僧的習慣，一向是不服從貫首（座主）與長吏的指揮與管轄。但如此重大之事上，眾徒即便引起紛爭，難道要置朝廷大事於不顧嗎？）
不服從貫首長吏的指令是「惡僧的習性」，但眾徒們對於「朝廷之大事」則不會吝於協助。
到了同月21日，九條兼實收到惡僧仲教遭到逮捕的消息，事態進入第二階段。此時，一條能保判斷這一連串事件是「武士之沙汰」，要求將犯人引渡過來。九條兼實也打算下達同樣的指示，但22日後白河院對此提出異議：
九條兼實好不容易才避免了武士上山攻擊，因此憤而向後白河院提出要求請他打消念頭，但院並未接受這一申請。無奈之下，九條兼實不得不依照院的命令著手執行。此時，九條兼實說道：
近年來即使是如強盜一般的犯人，也都交由「武士之沙汰」來處置，然而如今卻要把這些「朝敵之一黨、謀反之同類」的惡僧交付「使廳之沙汰」處置，這是什麼道理？
這正是在本節開頭洛中群盜沙汰部分引用的史料e.中的文句。之後，九條兼實隨即補充說明，他將「武士之沙汰」與「使廰之沙汰」二者的差別闡述如下：
九條兼實在此分為「自身之罪」與「謀叛的同類」；前者應屬「使廰之沙汰」，後者則應屬「武士之沙汰」。可以說九條兼實的見解為：鎮壓叛亂和追捕應當由「武士之沙汰」來處理。
4.追捕南都聖弘房（文治二年9月21日）
到了9月21日，發生了二、三百騎武士包圍南都的勸修房得業聖光房並且追捕寺院僧侶的事件。追捕的武士是比企藤內朝宗，而源義經正是藏匿在此。然而源義經逃亡，房主聖弘也同樣逃走，春日社附近的四、五個房舍遭到嚴重破壞。
事件的起因是9月19日，源義經的郎從堀彌太郎景光與佐藤四郎兵衛尉忠信被比企朝宗抓獲；佐藤忠信選擇自盡，而堀彌太郎則招供出源義經藏匿的事情。
然而在此期間，京都守護一條能保完全沒有聯繫寺院方和藤原氏的長者九條兼實。九條兼實作為氏長者，不能公然坐視不理，於是向一條能保提出了以下建議：
然而，在處理接二連三發生的事件過程中，京都政局的負責人之間也逐漸形成了關於此類事件的新原則和慣例。一條能保作出了如下答覆：
並不是有意要隱瞞，朝宗只說要前往南都，沒有說要追捕寺中的僧侶。雖然表面上用「前往南都」來作為藉口，但武士追捕寺院僧侶的行動本身理應是獲得許可的。
九條兼實與一條能保都充分理解了這一點。九條兼實自己寫下：「余一旦咎仰不当許也」（我雖然責難，但並非真的認為不允許），對武士的抗議已經淪為表面上的敷衍而已。
不過，興福寺眾徒對追捕聖弘的態度卻非常強硬。他們決定停止法華會和維摩會，並派遣二名所司前來向九條兼實申訴，但九條兼實完全不予理會，反而評論僧眾的舉動為「殆可謂嗚呼歟」（幾乎可以說『哎呀！』吧），並命令使者必須如期舉行兩會。
5.源頼朝數萬軍勢的威嚇（文治二年11月）
由於武士們的強硬手段，對源義經的包圍網逐漸縮小，但其中確實有以寺院勢力為首的各種勢力在抵抗。在文治二年11月，源賴朝再次提出強硬建議，責備「公家沙汰」的怠慢，並闡明以武力為主的政策。九條兼實在《玉葉》11月16日條目與18日條目二處，都摘錄了源賴朝書狀的內容。
源賴朝在此譴責山門（比叡山）、南都、吉野、多武峰等地，以及其他相關人員對義經的同情支持。他說如果能夠嚴肅執行公家沙汰，怎麼可能抓不到人呢？最終，他聲稱要派遣二、三萬武士，依法搜山搜寺，徹底搜捕。不用多說，「任法」一詞散發出源賴朝特有的淒厲，對公家形成威嚇。18日在院殿上舉行的公卿會議，對事態的嚴重性重新展開各種討論並研擬對策，但（事實上，）京都周邊已經沒有源義經可以藏身的地方了。上述源賴朝的書狀，充分顯示出源賴朝政治的本質，最終仍在於這種武力的威嚇。對源賴朝而言，對寺院勢力直接行使武力，最終也是以「任法」的名義而合法化。
