中央政治機關
一、侍所
(一)設立：承治4年(西元1180年)11月。
(二)職權：軍事警察機關，平時統率召集御家人及處分罪犯；戰時則以「軍奉行」身份統領軍務、奉行軍令及指揮軍隊。簡言之，侍所就是負責管理御家人的機關。
(三)職位：侍所當中的職位由有力御家人擔當，稱為「所司」或「侍所司」。侍所的首長稱「別當」，第一任別當由源賴朝任命有力御家人和田義盛擔任，和田合戰後由於義盛被肅清，故此後由執權兼任。
二、公文所（後改為「政所」）
(一)設立：元曆元年(1184年)，建久元年（1190年）改稱政所。
(二)職權：行政機關，掌管幕府以財政事務為主的一般行政事務。
(三)職位：
別當(首長)：從京都請來老練的政治家大江廣元。之後由執權或連署兼任。
令(副首長)：初代為二階堂行政，後來取代大江廣元成為政所別當。負責文件之簽署(文書の署判役)。
政所執事(上級役人，高級官員)：參與政務、負責會計。由二階堂氏世襲。
執事代：政所執事的代理官。負責製作文書工作。
案主：政所的下級官員。負責製作文書工作。
知家事：政所的下級官員。負責製作文書工作。
寄人：政所的雜用官。一開始也稱作「政所公人」。
(四)沿革：
治承4年（1180年）舉兵以来，由京都下級官人出身的部下負責訴訟及公文書作成的業務，於元曆元年(1184年)正式設置公文所，並以大江廣元為初代別當、中原親能及二階堂行政等人出任公文所長官。
建久元年（1190年）時，源賴朝將公文所的組織合併至政所。這裡有二點必須說明。
一是政所的介紹。平安時代，親王、從三位以上的公家才允許設置政所以管理其家政；鎌倉幕府也依照朝廷律令制的慣例，幕府將軍（無論是源氏將軍、攝家將軍還是之後的宮將軍）在官階未達三位的階段時不能開設政所。因此幕府的政所可說是以律令制為基礎帶有公家性質而設置的統治機構（白話來說就是抄朝廷律令制的制度拿來自己用）；在幕府中，職司一般政務和財政。另外，將軍開設政所時，政所的職員也會獲得朝廷敘位、封官的待遇。
文書部分，幕府的命令書在將軍升到三位之前只能採用「袖判下文」、三位以上則可以採用「政所下文」及其格式。幕府中後期擁立宮將軍以後的統治機構爲政所（因為親王官階必定達從三位以上），其命令書也成爲政所下文。鎌倉幕府的法律正當性將一直維持下去。更何況，如果成爲親王，其命令書作爲令旨將具有法律效果。
第二點是有關公文所改為政所的時間仍有待商榷。有人認為1191年才將公文所改為政所、也有人認為1185年就改為政所。另外源頼朝於1185年便已經獲得三位以上（從二位）的官階而有設置政所的權利，那麼為何還要等到1190年才開設政所呢？
有一說認為公文所和政所並非連續性，亦即公文所並非經過一時間點就全部轉移至政所。由於大江廣元曾兼職公文所和政所的別當，有重複機能，因此公文所可能不是馬上消失，而是將原來在公文所內的各項功能慢慢轉移到政所的各組織；亦即公文所因為業務增加而慢慢擴張改組成為政所，至於公文所本身的業務則作爲政所內的公文管理部門保留了下來。另外，執權北條氏的權威提升後，北條氏也開設了自己的家政機關（公文所）。
三、問注所：
(一)設立：壽永三年(西元1184年)10月20日。
(二)職權：司法機關，處理訴訟、審判等事務。
(三)沿革
「問注」是指訴訟等當事者雙方進行審問、判決並將那些内容以文書記録下來的意思。所以「問注所」亦即進行問注的場所的意思。
平安時期沒有進行問注的特定場所，鎌倉幕府設置了進行問注的場所即問注所。
元暦元年（1184年），日本正處於大規模内亂（治承・壽永之亂）將國内一分為二的狀態，在此内亂當中（或乘内亂之際），發生許多訴訟案件；非官方發跡的關東軍事政権（即之後的鎌倉幕府）迅速而圓滑地處理訴訟事件，也被認為是奠定政權的條件之一。
第一任「執事」(首長)由京都請來的法律家三善康信擔任。三善氏為三善清行的子孫，世世代代以算道(算數)為家業。康信是一位有才能的人而為人所知，其親戚與源頼朝的乳母有關係，因此被賴朝從京都招募至鎌倉協助處理政務。此後，鎌倉、室町時期的問注所執事由三善家世襲；三善家的後代甚至以問注所為苗字。。
值得注意的是，《武家名目抄》記載：「問注所為政所的別廳，即使在一起處理政事，但本質是負責訴訟的裁判（職名部（ハ）上）」。另外，在「吾妻鏡」建久二年（1191年）正月15日條目也記載了機構的業務；關於政所和侍所是以不同段落記載，而有關問注所部份是在政所項目的最後一行寫到「問注所執事」，故問注所初期應屬於政所底下其中一個機關，之後才從政所中分開獨立自成一機關。
(四)業務的轉變
問注所一開始負責管轄所有的訴訟、裁判事務，然而隨著訴訟案件的増加，開始有快速處理事件的需求。因此，於建長元年（1249年）12月9日，新設置「引付」。兩者區分為：
引付：負責處理御家人所領(土地)關係的訴訟（所務沙汰）。
問注所：負責其他民事訴訟（雜務沙汰）與訴訟雑務（主要是訴狀的受理）。
另外，侍所則負責刑事事件（檢斷沙汰）的處理。
以上所提引付衆、問注所、侍所的管轄區域僅限於東國，西國則由京都的「六波羅探題」管轄。另外，問注所負責處理東國的一般民事訴訟，但在鎌倉中的一般民事訴訟是由政所管轄，而非問注所負責。
參考資料：日本維基百科
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